Theo kết luận thanh tra, Công ty TNHH TĐH có địa điểm kinh doanh chính tại Cụm công nghiệp nhựa Đức Hòa Hạ, xã Đức Hòa Hạ, huyện Đức Hòa, tỉnh Long An; đăng ký kê khai nộp thuế tại Cục Thuế tỉnh Long An (hiện thuộc Chi cục Thuế khu vực XVII); ngành nghề kinh doanh thực tế là sản xuất, kinh doanh bao bì nhựa.
Kết luận thanh tra xác định, Công ty TNHH TĐH có chấp hành việc lập và gửi tờ khai thuế hàng tháng, quý; lập và gửi báo cáo quyết toán thuế, báo cáo tài chính hàng năm theo quy định.
Tuy nhiên, Công ty TNHH TĐH kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào hóa đơn hàng hóa dịch vụ mua vào của doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (chưa có kết luận của cơ quan có thẩm quyền là hóa đơn chứng từ không hợp pháp) là thực hiện chưa đúng theo quy định tại khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27.2.2015 của Bộ Tài chính.
Hành vi vi phạm này dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp gần 500 triệu đồng. Trong đó, năm 2017 hơn 35 triệu đồng, năm 2018 gần 170 triệu đồng, năm 2019 là hơn 228 triệu đồng, năm 2020 hơn 65 triệu đồng.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Công ty TNHH TĐH chưa kê khai điều chỉnh tăng tổng lợi nhuận kế toán trước thuế TNDN đối với các khoản chi phí không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
Cụ thể, công ty chưa kê khai giảm các khoản chi phí đối với hóa đơn hàng hóa dịch vụ mua vào của doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (chưa có kết luận của cơ quan có thẩm quyền là hóa đơn chứng từ không hợp pháp) là thực hiện chưa đúng theo quy định tại điểm 2.1 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TTBTC được sửa đổi bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22.6.2015 của Bộ Tài chính.
Công ty chưa kê khai điều chỉnh giảm chi phí tiền lương, tiền công không hợp lý (sai tên, mã số thuế) theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22.6.2015 của Bộ Tài chính.
Việc kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế TNDN phải nộp hơn 1,4 tỷ đồng. Trong đó, năm 2017 hơn 270 triệu đồng, năm 2018 gần 465 triệu đồng, năm 2019 hơn 430 triệu đồng, năm 2020 gần 270 triệu đồng.
Với những vi phạm trên, Công ty TNHH TĐH bị kiến nghị xử phạt hơn 150 triệu đồng; kiến nghị truy thu thuế GTGT gần 500 triệu đồng; truy thu thuế TNDN hơn 1,4 tỷ đồng; phạt tiền chậm nộp tiền thuế GTGT hơn 325 triệu đồng và tiền chậm nộp tiền thuế TNDN hơn 500 triệu đồng.
Cơ quan thuế đề nghị Công ty TNHH TĐH phải chấn chỉnh, khắc phục ngay những vấn đề còn tồn tại, sai sót trong hạch toán kế toán, kê khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế theo đúng quy định của pháp luật thuế, pháp luật kế toán và các văn bản hướng dẫn thi hành.